電話でこの疑問をぶつけてみたところ「暫くお待ちください…」　上司に確認に行かれたのか 1 分ほどして「手元に持って参りました」†(ﾟдﾟ；　そこまでしてもらわなくても！　というわけで、気になる回答は…

重ねた時にフタ同士が密着しなくするため

　ということでした。こうすることで、忙しい時でも簡単確実に一枚づつフタを手に取れるようになっているそうです。重ねた時にずれなくするためのものではなく、反対に意図的にずらしているわけですね。なるほど！　これも現場の知恵から生まれた改善の一つなんでしょうね。
　早速、今日もセットを注文して、フタの出っ張り部分を調べてみました。確かに出っ張りの位置がずれるように作られています(下写真)