MovableType 4.2 のバグ修正版となる 4.21 がリリースされています。Important Update: Movable Type 4.21 now available の情報に依ると、以下のような条件に当てはまる場合に問題が出るとのこと。
このサイトでは幸いにしてカスタムフィールドを使っていなかったことと、アップグレード作業前にデータベースのバックアップを残していたので難を逃れました。小さなバージョンアップ作業でも何がおこるかわかりませんから、特にデータベースのバックアップだけはしっかり行って移行作業を行うように心がけましょう。