<$MTSetVar name="lastyearentries_count" value="0"$>
<MTSetVarBlock name="lastyearentries_block">
  <MTLastYearEntries days="15" lastn="5">
    <$MTSetVar name="lastyearentries_count" value="1"$>
    <li><a href="<$MTEntryPermalink$>"><$MTEntryTitle$></a>　 (<$MTEntryDate format="%Y.%m.%d"$>)</li>
  </MTLastYearEntries>
</MTSetVarBlock>

<h2>去年の今頃は…</h2>
<MTIf name="lastyearentries_count">
<ul>
<$MTGetVar name="lastyearentries_block"$>
</ul>
<MTElse>
<p>サボっていました</p>
</MTIf>

　予め変数 lastyearentries_count を 0 で初期化しておき、出力された記事の一覧の HTML も変数 lastyearentries_block に入れておくようにします。もし一つでも記事があった場合には、変数 lastyearentries_count が 1 になっているので、生成しておいた HTML を出力します。一方、記事が 1 件も無かった場合には、変数 lastyearentries_count は 0 のままなので、MTElse タグの中身が表示されるという仕組みです。
　元の s.fujino さんのコメントのように、MTIfNonZero で判断してもよかったのですが、MTLastYearEntries を一回で済ませられるようにしてみました。